La BEI compte quatre instances statutaires, c’est-à-dire celles auxquelles il est fait référence dans ses statuts :
Le Conseil des gouverneurs détermine les orientations générales de la BEI.
Le Conseil d’administration assure la gestion stratégique de la Banque.
Le Comité de direction se charge de la gestion quotidienne de la Banque.
Le Comité de vérification examine la régularité des opérations de la Banque.